Blue Seed está basado en la épica mitológica del Ciclo de zumo, que narra el enfrentamiento del Dios susano-oh con la serpiente de ocho cabezas yamata no Orochi, criatura que fue representada hasta el hartazgo en cogollo de mangas y que aquí tiene una nueva versión para tiempos más modernos. Momiji Fujimiya es una estudiante de instituto normal y corriente (en realidad, es la reencarnaciones de una deidad y vive en un templo, así que más bien es todo lo contrario, pero ya sabemos cómo varían los parámetros de normalidad en estos mangas) que un día es atacada por un hombre de ojos gatunos, pelo verdoso, y unas magatamas (las semillas azules del título) en las manos, que no para de llamar le destinada a la vez que intenta matarla. Momiji se salva por los pelos gracias a la intervención de un grupo gubernamental que ahuyenta al hombre a tiros. Confundida e intrigada, Momiji busca de dónde le suena el nombre kushinada y descubre que se refiere a una antigua princesa de la mitologia cuya sangre tiene el poder de detener a unos monstruos llamados aragami (deidades furiosas) de quien ella sería la reencarnación, y que será el botín de dos equipos rivales que buscaron sacrificarla o proteger la según su propósito.